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NCB丨陈玲玲研究员组织国际同行统一环形RNA命名规范

日期:2023-01-20  浏览次数:297

来源:BioArt

2023年1月19日,中国科学院分子细胞科学卓越创新中心(生物化学与细胞生物学研究所)陈玲玲研究员受邀组织国际同行专家达成共识,在Nature Cell Biology发表题为“A guide to naming eukaryotic circular RNAs”的论文,系统地对环形RNA命名进行了梳理和总结,提出了环形RNA规范命名原则,并呼吁领域同行专家共同努力,推动环形RNA命名规范化进程,促进环形RNA研究交流和发展。

与其它早期发现的环形RNA(例如病毒基因组环形RNA和真菌自剪接产生的环形RNA等)不同,最近10年的研究发现外显子反向剪接来源的环形RNA(circular RNA of back-splicing of eukaryotic exons,简称为circRNA在真核生物细胞中广泛表达,其数目可达数十万个;更为重要的是,circRNA可通过多种分子机制在生理或病理状态下发挥重要的生物学功能,这也使针对环形RNA的研究成为领域前沿之一。但是,领域内对circRNA的命名欠缺统一规范,在一定程度上阻碍了科研成果的有效分享。例如,同一个基因位置可以产生多个环形RNA,简单地利用“circ”前缀加基因名的命名方式无法准确定义给定的一个环形RNA(图1)。为解决该难题,陈玲玲研究员应邀组织一批国际同行专家提出了统一的环形RNA命名方式,可有效区分相同基因位置的不同circRNA转录本。



图1环形RNA的可变环化现象


环形RNA领域专家达成共识,以以下规范命名环形RNA。首先,在现有“circ”前缀加基因名命名的基础上,建议加入对应外显子序号信息,以区分来源于同一个基因位置但具有不同外显子(包括可变反向剪接外显子和内部可变剪接外显子)组成的环形RNA(图1和2a)。其次,针对环形RNA内部存在的其它可变剪接形式,建议加入特定字符RI(retained intron)、S(short)或L(long)以明确内部可变剪接产生的内含子或外显子信息(图2b-d)。另外,对于包含现有注释中不存在外显子(包括可变反向剪接外显子和内部可变剪接外显子)的环形RNA,建议使用NE(new exon)作为占位符以示区分(图2e和2f)。最后,针对来源于融合基因的环形RNA,专家们建议与国际最新的融合基因命名方法统一,在两个融合基因之间以“::”标注,并加入所含外显子的序号信息(图2g)



图2环形RNA命名规范示意图


专家们同时指出,环形RNA的命名建立在国际标准基因和转录本命名基础上,因此提供配套的基因(和转录本)注释信息对于规范环形RNA命名至关重要。除了利用常规的NCBI和EMBL-EBI注释信息,MANE(Matched Annotation from NCBI and EMBL-EBI)注释信息可在今后也用于环形RNA的注释。专家们还建议,今后研究中除了统一命名,标注环形RNA基因组位置(及其版本)具体序列、以及清晰的结构示意图等将为有功能的环形RNA研究共享和交流提供便利。

该领域观点论文由中科院分子细胞卓越中心陈玲玲研究员联合来自于中国、美国、德国、丹麦、意大利和新加坡等的15位国际同行专家完成,陈玲玲研究员、复旦大学生物医学研究院杨力研究员和美国贝勒医学院Jeremy Wilusz教授为该论文的共同通讯作者。


原文链接:https://doi.org/10.1038/s41556-022-01066-9