EMDB-China正式升级为EMDB/EMPIAR-China网站

日期:2019-01-10  浏览次数:353

      近年来冷冻电镜技术迅猛发展,已经成为结构生物学领域关键的技术手段,与此同时我国从事冷冻电镜工作的人员日益增长,冷冻电镜数据更是呈现爆炸性增长趋势。由于冷冻电镜技术产生的数据量极大,欧洲生物信息所为了满足学术界对于冷冻电镜数据的需求,推动领域内发展,在欧洲搭建了EMDB(Electron Microscopy Data Bank)网站服务器,提供冷冻电镜原始数据,重构结果等研究信息的数据共享服务。由于研究者使用网站时上下行数据量极大,客观上使得亚洲区域的用户不得不忍受较慢的连接速度对于研究工作的影响。

  因此,为了给国内科研工作者提供高分辨率电镜数据上传下载的便捷通道,推动冷冻电镜相关研究工作,同时进一步提升中国基础科学研究的国际地位,中国生物物理学会的冷冻电子显微镜子研究委员会于2016年作出决定与欧洲分子生物学实验室生物信息研究所(EMBL-EBI)合作,在中国建立EMDB镜像站点。     

      EMDB-China(http://www.emdb-china.org.cn)网站自2018年8月发布以来,已稳定运行5个月,网站点击量累计近万次。为进一步完善EMDB-China网站的数据服务功能、提升用户体验,自2019年1月起EMDB-China网站正式升级为EMDB/EMPIAR-China网站。该网站在对EMDB网站数据作镜像的同时,新增了EMPIAR网站数据的镜像,为方法学研究提供了大量的测试数据集,同时该部分数据集也可以用来做练习。

图1. EMDB/EMPIAR-China网站首页

  本次网站在服务功能方面的升级主要体现在EMDB/EMPIAR-China网站数据更新周期、EMPIAR数据页面展示和EMDB数据远程可视化工具升级三方面:

  1、EMDB/EMPIAR-China网站数据更新周期

  数据更新包括两部分内容,一是EMDB/EMPIAR-China FTP与EBI-EMDB/EMPIAR之间每周三的自动同步,均以FTP显示时间为准,EMDB数据同步约需4小时,EMPIAR因数据量较大,完成同步需3-4天;二是网站中EMDB/EMPIAR-China的显示数据更新,以网站首页last updated日期为准,EMDB-China显示数据每周三当天更新,而EMPIAR同步周期较长,为保证网站更新时间的一致性,EMPIAR-China显示数据滞后1周,即下一个周三更新。

  2、EMPIAR数据页面展示

  EMPIAR数据页面相关功能包括:新增EMPAIR数据页面、EMPIAR数据的搜索、浏览、release date数据排序查看,以及与EMDB-China数据之间的关联查询等。

图2. 新增EMPIAR-China数据页面展示


  3、EMDB数据远程可视化工具升级

  新版EMDB数据远程可视化工具提供基于Web的在线EMDB数据预览查看及三维交互,支持Chrome、Firefox、Safari等一系列主流浏览器,使用过程中无需另行安装插件或其它运行环境。新版工具在原有可视化工具基础上对可视化效果进行了改进,通过等值面结合颜色映射的方法更好地展现了EM数据内部形态;加入了新的数据减量传输策略,大幅降低了网络通讯量及数据下载时间;并采用渐近式可视化方法加快了页面响应速度,提升了用户交互体验。

图3. 远程数据可视化交互页面

  为了给用户提供更好的访问体验、完善更多功能,在中国科学院生物物理研究所与中国科学院计算机网络信息中心合作下EMDB/EMPAIR-China功能开发一直在紧锣密鼓的推进中,目前该项目运行良好,未来将有更多数据校验、数据提交等功能上线,敬请期待。

  供稿:

  中国科学院生物物理研究所蛋白质科学研究平台生物成像中心

  中国科学院计算机网络信息中心